武汉市第三医院药学部是卫生部临床药师培训基地、武汉市临床药学质量控制中心及武汉市临床药学重点学科。是集药品采购供应、药品质量管理、临床药学服务、个体化诊疗研究、新药和新制剂研发及科研教学于一体的综合性药学专业科室。承担着全院药品的合理用药、质量控制、保障供应等工作。下设机构包括门诊、住院、草药中心药房,药品库房,炮制室,临床药学室,同仁中医药研究所,个体化诊疗研究中心,临床药学实验室,动物实验中心(实验室均对全院开放)。